בשנת 1492, כשהציף זרם מגורשי ספרד את ארצות צפון אפריקה הגיעו גליו עד למרקש, שהתחילה להתפתח אז בתור בירת השושלת הסעדית. השולטאן קרא ליהודים לבוא ולהתיישב בה, ואז החלו לבנות את מלאח היהודי בהוראת הסולטאן הבניה החלה ב-1578 והסתימה ב-1622 עם בנית שער למלאח. רוב הבתים במלאח הם בתי חצרים. היהודים עסקו בעיקר במסחר. בעבר היו בתי המלאח מסוידים בכחול ולבן והיו בוהקים ונקיים. עד היום נותר במלאח השער בצבע ירוק על שם ר' חיים בן עטר. כיום רוב יהודי מרקש עזבו, ואלה שעדיין מתגוררים שם מבוגרים מאוד ואף נזקקים ומתקיימים מתרומות הקהילה הגדולה בקזבלנקה.
כאשר הגיעו מגורשי ספרד למרקש, וביקשו להתפלל בבית הכנסת של המקומיים, על שם ר' מרדכי בן עטר במלאח הקדום של מרקש, לא קיבלו אותם המקומיים בטענם שסגנון תפילתם שונה. לאחר חיכוכים רבים בין שני המחנות קמו המגורשים, שבראשם עמד רבי יצחק דלויה, ובנו בית כנסת לעצמם, והם נקראו "המגורשים" או "המתבדלים". בית הכנסת "צלאת אל עזמה" נבנה סמוך לתאריך בנית המלאח בית הכנסת נמצא בתוך בית חצרים גדול, שבקומתו השנייה היו חדרי כתות ללימוד תורה לילדים. כיום מתגוררת בבית החצרים משפחה מוסלמית השומרת על המקום, החצר הגדולה ואגף אחד שלה הוא בית הכנסת, מפואר, מסודר ומרווח, מצויד בכל הציוד שדורש בית כנסת בסגנון המזרחי. צלאת אל עזמה שנבנה כנראה בשנת 1622 נחשב אצל יהודי מרקש בתור בית הכנסת הקדום ביותר, פירוש שמו הוא בית כנסת המתבדלים.
קהילת יהודי מרקש כיום מונה כ 200 איש, רובם הגדול מפוזר בין השכונות החדשות ברחבי העיר וכמה משפחות בודדות גרות עדין בקרבת המלאח העתיק של מרקש.
כיום ישנם 2 בתי כנסת פעילים בעיר בתפילות שחרית ותפילות חגים ושבת